Fermentec invierte en investigaciones científicas y tecnológicas, en laboratorios propios y en colaboración con otras 22 universidades e instituciones de Brasil y exterior. Mantiene convenio con la Escuela Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - USP, por intermedio de la Fundación de Estudios Agrarios "Luiz de Queiroz", promoviendo una integración entre la investigación y la industria de azúcar y alcohol
Actualmente las principales líneas de trabajo son:
Las levaduras PE-2 y CAT-1, seleccionadas por Fermentec, están entre las principales linajes utilizadas en la industria, por su elevada eficiencia y tasa de implantación en diferentes procesos de fermentación alcohólica