A Fermentec investe em pesquisas científicas e tecnológicas, em laboratórios próprios e em colaboração com outras 22 universidades e instituições do Brasil e exterior. Mantém convênio com a Escola Superior de Agricultuora "Luiz de Queiroz" - USP, por intermédio da Fundação de Estudos Agrários "Luiz de Queiroz", promovendo uma integração entre a pesquisa e a indústria sucroalcooleira
Atualmente as principais linhas de trabalho são:
As leveduras PE-2 e CAT-1, selecionadas pela Fermentec, estão entre as principais linhagens utilizadas na indústria, pela sua elevada eficiência e taxa de implantação em diferentes processos de fermentação alcoólica